不过定制网站也有自身的缺陷，首先就是网站的建设周期会变得更长，除了前期的沟通和交流，以及资料的整理这些时间除外，仅仅从页面设计和功能设计就需要花费20个工作日以上的时间。另外企业网站定制成本也会相对较高，通常一个全新的网站建设费用往往能够达到几万元，而且随着功能的增加这个数量会继续增长。
最后就是分析企业网站模板定制的优势。这也是目前比较常见的建设方式，一般来说可以购买一套CMS等建站程序，然后在此基础上通过定制网站模板来实现网站功能和相关的设计工作。这种方式具有网站建设相对简单，快速的特点，而且后台的管理功能也非常全面，容易理解。合适后期的维护。另外就是定制网站模板的成本相对较低，这要比重新设计一个网站系统要便宜很多。最后就是定制模板具有一定的行业特定，网站模板能够体现出自己企业所在的行业特征，从而提升企业的行业发展形象。
当然网站模板定制也有自己的劣势，主要是这类网站模板使用的人员相对较多，所以不能够体现出企业网站的个性化，另外这些模板一旦选择，进行二次修改相对困难，所以往往并不能够和企业的经营特性相切合，从而影响网站的用户体验。
针对网站定制和模版定制的优劣势分析可以得知，如果企业网站想要打造自己的品牌形象，再加上自己也有一定的资金实力，那么定制网站建设无疑是其最佳的选择方案。
